A segunda temporada do Metropolitano marcou o início das atividades da categoria Sub-15.
Uma vez mais presente na Copa São Paulo, da Associação Paulista de Futebol (APF), o Cachorrão (sugestão de apelido informal ao clube, baseado no mascote) deixou, como em 2018, boa impressão na categoria Sub-17: a despeito da eliminação nas oitavas-de-finais, para a mesma Portuguesa Santista, fez a melhor campanha da
primeira fase e teve o artilheiro do torneio, o meia-atacante Enzo, que balançou as redes em 16 ocasiões.
Debutante no Campeonato Paulista Interclubes, o Metropolitano foi vice-campeão na categoria Sub-15 e terceiro colocado na categoria Sub-17. Fez, em ambas as categorias, os melhores jogadores de cada competição: Donega, no Sub-15, e Christopher, no Sub-17.
Viu, também, o volante Cauê e o meia-atacante Enzo, integrarem a seleção do torneio, que disputou a Dana Cup Sub-16, na Dinamarca.

A temporada 2020 do Metropolitano foi marcada pelo surgimento da categoria Sub-20 e incorporação de profissionais, altamente qualificados e com vasta experiência na formação esportiva, ao quadro de funcionários. A chegada desses profissionais permitiu um desenvolvimento maior nos processos de observação e captação de
atletas às categorias Sub-15, Sub-17 e Sub-20. 
Do ponto de vista esportivo, o Metropolitano não pôde dar sequência ao trabalho desenvolvido nos últimos dois anos, em função da pandemia de COVID-19, que interrompeu os treinos ainda em março e fez com que a temporada fosse encerrada precocemente, sem a disputa de campeonatos oficiais.
Administrativamente, porém, o Metropolitano teve várias conquistas: foi criado o Núcleo de Apoio aos Atletas, que engloba, sob uma perspectiva interdisciplinar, o departamento de administração, finanças, patrimônio, técnico, logístico, futebol, preparação, desempenho, jurídico, planejamento e pedagógico. Também um novo espaço para a sede administrativa foi incorporado. Por fim, o clube teve sua documentação aprovada junto à Federação Paulista de Futebol (FPF), através da Resolução Especial de Base, e deu grande passo para oficializar sua filiação junto à órgão máximo que rege a modalidade no estado de São Paulo.

Novamente do ponto de vista esportivo, o Metropolitano não pôde dar sequência ao trabalho desenvolvido nos últimos dois anos, em função da pandemia de COVID-19, que interrompeu os treinos ainda em março e fez com que a temporada fosse retomada somente em Setembro, comprometendo todo o planejamento.
Porém, o Metropolitano fez um golaço fora dos campos, celebrando um contrato de parceria através da concessão de uso do Estádio Municipal e o Centro Esportivo da Vila Cardoso na cidade de Campo Limpo Paulista, desta maneira possuindo um infraestrutura para filiação junto a Federação Paulista de Futebol.
Todos os espaços utilizados pelo Metropolitano sofreram uma modernização, entregando ambientes modernos, seguros e adequados a prática esportiva, neste caso ao futebol. 

Temporada que marca a estréia do Metropolitano Futebol Clube em competições oficiais regidas pela Federação Paulista de Futebol.